バイトが突然休んだので、別の店舗で午前中に入っているバイトに夕方から手伝ってもらうことにした。タイムカードは別々なのでそれぞれでバイト代を支払ったけどいいかな？

店舗(A)のバイトが突然休んだので、いつも店舗(B)で9時から5時間入っているバイトにお願いして、
夕方から人が足りない店舗(A)で17時から5時間のシフトに入ってもらうことにした。

それぞれの店舗でタイムカードは5時間で、きちんと明細書に記載され給与計算して支払った。

ということですが、同じバイトが別店舗で同じ日に働くと、それらの勤務時間は合計されて、
8時間超えの時間は(法定)労働時間の時間外となり、時間外手当も含め125％以上にする必要があります。

これは、同じ店舗であってもたとえば朝晩のような2シフト勤務の場合も同様にすることになります。
もし、タイムカードが別々であっても合計して勤務時間の処理を行うようにしましょう。